Jede Vogelart besitzt trotz individueller Unterschiede des einzelnen Vogels eine arteigene Veranlagung für die Niststoffe zum Bau ihres Nestes. Die Möglichkeit eines einzelnen Vogels, ein Nest nach dieser Veranlagung herzustellen, wird beeinflusst durch die meist nur in 30-50 m Umgebung vorhandenen Nistmaterialien. Daher ist vor allem nach der Brutzeit die Unterscheidung von Meisennestern schwierig, ja oft unmöglich.
Als erste aller Meisen baut die Haubenmeise schon Anfang April ihr Nest. Die Fluglochweite sollte 27mm, kann aber auch oval 3x4,5cm sein. Es wird kein Nistmaterial vom Boden verwendet. Sie beginnt den Nestbau mit kräftigeren dunkel- wenig gelbgrünen Baummoosen, vorwiegend das Zypressenmoos, welches sie von Stammanläufen und Baumstümpfen holt. Zwischen dem Moos findet man einige Fichtenschuppen, Fichtennadeln und Flechtenteile. Die Nestoberseite wird mit Tierhaaren und gelegentlich mit einigen Federn gepolstert. Nie wird Laub, vergilbtes Gras, Bast oder Rinde verwendet. Die Eier sind stark rötlich punktiert.